沼氣凈化處理的目的是為了將可能對后續設備及工藝產生不利影響的雜質去除掉，最主要的就是水蒸氣和硫化氫氣體。沼氣從發酵設備生成后，隨著在管道中的傳輸，溫度會逐漸下降，這一過程中，水蒸氣會發生凝結，變成冷凝水，如果是在冬天外界氣溫較低時，冷凝水可能會凍結堵塞管道。

硫化氫氣體會與冷凝水結合形成酸性溶液，對管道和設備造成腐蝕。在沼氣燃燒時，硫化氫氣體還會和氧氣發生反應，形成硫氧化合物，繼而形成硫酸或者次硫酸，對設備的腐蝕也很嚴重。

所以，在沼氣工程中，利用各種方法對沼氣進行脫水脫硫等凈化處理是非常必要的。

沼氣脫水的方法主要有重力脫水，冷凝脫水以及分子篩深度脫水等方法。

沼氣脫硫的方法可以分為物理、化學和生物法。物理就是利用活性炭進行吸附，化學方法多用干法的氧化鐵脫硫以及濕法絡合鐵脫硫。生物法這是利用活性菌進行硫元素的吸收轉化。

在選擇脫硫脫水設備時應結合沼氣中硫化氫的含量、所需達到的脫硫程度以及該工程的產氣量和工程預算進行選擇。

在對沼氣進行凈化處理時，應按照以下要求進行：

1，一級脫硫達不到要求的，應增設二級脫硫設備；

2，生物和濕法脫硫設備須位于脫水設備前，干法脫硫應在脫水設備之后；

3，脫硫設備應配有備用系統；

4，脫硫設備前后都應設置閥門；

5，脫硫設備前后都要設置抽樣檢查裝置；

6，淘汰下來的脫硫劑及污泥的處理應符合環保要求。

6）脫硫和污泥必須符合環保要求。